Proteínas fibrilares
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Proteínas globulares
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Nombre
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Código PDB
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Nombre
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Código PDB
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Tropomiosina
Colágeno
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1C1G
2KLW
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Mioglobina
Triosa fosfato isomerasa
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3H57
3GVG
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domingo, 29 de noviembre de 2009
Las proteínas II: estructura
sábado, 28 de noviembre de 2009
Las proteínas I: los aminoácidos
- Son moléculas de gran peso molecular (macromoléculas), aunque algunas de ellas, llamadas más propiamente péptidos, pueden ser relativamente pequeñas.
- Están formadas por la unión de unidades más pequeñas (polímeros), concretamente de un tipo de compuestos denominados aminoácidos.
- Los aminoácidos que forman cada proteína pueden ser distintos entre sí (heteropolímeros), lo que significa que unas proteínas se diferenciarán de las demás en función de los aminoácidos que formen cada una de ellas.
- Su estructura consiste en una cadena de aminoácidos unidos uno tras otro, como un collar (son lineales, y no presentan ramificaciones).

El valor del pH del medio en el que un determinado aminoácido tiene carga neutra es su punto isoeléctrico. El punto isoeléctrico de los aminoácidos presenta bastante interés, porque permite su identificación y su separación de entre una mezcla.
- Los polares se disuelven bien en el agua, y suelen situarse en las partes de la proteína que van a estar en contacto con el medio hidrófilo. Incluyen la glicina (gly), serina (ser), treonina (thr), cisteína (cys), asparragina (asn), glutamina (gln) y tirosina (tyr).
- Los aminoácidos apolares, por el contrario, se disuelven muy mal en el agua, con la que no forman enlaces por puentes de hidrógeno. Esto hace que tiendan a agruparse entre sí, y a orientarse hacia el interior de la proteína o hacia entornos de naturaleza apolar. Por ejemplo, las proteínas que se integran dentro de la membrana celular tienen aminoácidos apolares en la zona hidrófoba de la bicapa. En las proteínas aparecen alanina (ala), valina (val), leucina (leu), isoleucina (ile), prolina (pro), metionina (met), fenilalanina (phe) y triptófano (trp).
- Los aminoácidos ácidos tienen un segundo grupo carboxilo en su estructura. Son dos: el ácido glutámico (glu) y el ácido aspártico (asp).
- Los aminoácidos básicos, de modo similar, tienen al menos dos grupos amino en su estructura. En las proteínas aparecen tres aminoácidos básicos: lisina (lys), histidina (his) arginina (arg).
lunes, 9 de noviembre de 2009
Lípidos II
- El colesterol, que juega un papel fundamental en la regulación de la fluidez de las membranas celulares animales, proporcionándoles un grado de rigidez que les resulta . A pesar de su importancia, un consumo excesivo de colesterol en la dieta puede suponer un problema de salud por el modo en que esta sustancia se transporta en el torrente sanguíneo. Las lipoproteínas de las que forma parte el colesterol exógeno (pero no el sintetizado por el propio organismo) tienen tendencia a formar placas que se adhieren a la superficie interna de los capilares, pudiendo llegar a obstruirlos y dando lugar a problemas circulatorios graves.
- Las hormonas sexuales tanto masculinas (testosterona) como femeninas (estrógenos, progesterona) son también de naturaleza esteroidea. Las hormonas sexuales son las responsables de la diferenciación sexual secundaria, que establece la diferencia entre ambos sexos de la misma especie. También son responsables de la formación de los órganos sexuales y del comportamiento sexual.
- Los corticoides son hormonas esteroideas producidas por la corteza de las glándulas adrenales (también conocidas como suprarrenales). Su función consiste en participar en la regulación del metabolismo de los minerales (mineralocorticoides) o de los glúcidos (glucocorticoides).
- Los ácidos biliares se sintetizan como productos de degradación de grupos nitrogenados (porfirinas) y cumplen un curioso papel biológico doble; por una parte, son sustancias excretables, y como tales se eliminan del organismo a través de las heces. Por otra parte, la presencia de los ácidos biliares en el intestino (vertidos en él desde el hígado, a través de la vesícula biliar) es aprovechada por el organismo gracias a su capacidad para actuar como emulgentes. Los emulgentes son sustancias capaces de dispersar grasas, haciendo que formen gotas de pequeño tamaño, más fáciles de digerir. La función emulgente de los ácidos biliares es fundamental durante la digestión, hasta el punto de que estos compuestos, en principio destinados a ser excretados, son parcialmente reabsorbidos y reciclados en el organismo.
De menor a mayor densidad, las lipoproteínas que aparecen en el organismo son las siguientes:- Quilomicrones y remanentes de quilomicrones, procedentes de la absorción de los lípidos en el intestino.
- VLDL: lipoproteínas de muy baja densidad
- IDL: lipoproteínas de densidad intermedia
- LDL: lipoproteínas de baja densidad
- HDL: lipoproteínas de alta densidad
Metabolismo de lípidos y lipoproteínas
Las lipoproteínas juegan un papel fundamental en el metabolismo de los lípidos por parte del organismo: desde el momento de su absorción en el intestino hasta el reciclaje de sus productos de degradacion en el hígado, los lípidos siempre son transportados en la sangre formando parte de lipoproteínas.
Cada tipo de lipoproteína tiene una función específica en este proceso metabólico, y ésta es, precisamente, su razón de ser. Siguiendo los pasos de un lípido absorbido a través de la dieta, su recorrido por el organismo podría ser el siguiente:
- El lípido es absorbido por las células intestinales, que lo incorporan a un quilomicrón. Éste es vertido directamente a la vena porta hepática, donde puede sufrir alguna modificación antes de llegar al hígado, transformándose en un remanente de quilomicrón.
- El higado es el órgano central del metabolismo de los lípidos. En él se forman los tipos de compuestos que realmente va a necesitar el resto del organismo, reestructurando los lípidos absorbidos durante la digestión. Cuando el resto de los órganos del cuerpo necesitan lípidos para su funcionamiento, el hígado vierte al torrente circulatorio general dos tipos de lipoproteínas: las LDL, para consumo preferente por parte del cerebro, y las VLDL, que son utilizadas por el resto de los órganos. Estas lipoproteínas se unen a receptores específicos de la membrana celular, permitiendo que los lípidos sean absorbidos por las células según sus necesidades.
- Los lípidos no utilizados por las células permanecen en las lipoproteínas, que de este modo reducen su contenido lipídico y aumentan su densidad. De esta forma, las LDL se transforman en HDL, mientras que las VLDL dan lugar a IDL. Estas lipoproteínas regresan, a través del sistema circulatorio, hasta el hígado, donde son absorbidas y recicladas.
Los lípidos anfipáticos (ácidos grasos, fosfolípidos y glucolípidos, fundamentalmente) tienen un comportamiento químico muy particular cuando se encuentran en un medio acuoso. Si depositamos con cuidado una cierta cantidad de este tipo de lípidos en un medio hidrófilo, los que entran en contacto con el agua tienden a formar una monocapa, es decir, una capa formada por una sola molécula de espesor, en la que las zonas polares de los lípidos se sitúan en contacto con el agua, mientras que las regiones apolares se alejan de ella, como se muestra en la siguiente figura.
Si agitamos una mezcla de este tipo, o si aumentamos la concentración de lípidos, éstos se dispersan por todo el volumen del medio acuoso, dando lugar a la aparición de pequeñas gotas lipídicas, de forma esférica, llamadas micelas. Las micelas poseen una estructura característica, determinada por el comportamiento de los lípidos: la parte externa de la micela está formada por las regiones polares de los lípidos, mientras que las zonas hidrofóbicas se sitúan hacia el centro de la estructura.
Las bicapas pueden ser cerradas, dejando entonces un espacio central de naturaleza hidrófila, aislado del ambiente externo, también hidrófilo, por la bicapa lipídica que constituye su pared.Sin embargo, la importancia fundamental de los liposomas es que son la estructura básica que constituye las membranas biológicas; cualquier membrana de un orgánulo o de una célula es, esencialmente, un liposoma que permite separar entre sí dos medios acuosos, sin que entre ellos exista paso de sustancias, porque la parte hidrófoba de la pared del liposoma impide que la atraviesen las sustancias polares, haciéndola impermeable.
Aunque las membranas celulares son más complejas, porque en su composición intervienen también diferentes tipos de proteínas que desempeñan funciones fundamentales para su organización y funcionamiento, las propiedades básicas de las mismas se deben a la bicapa de lípidos que las forman.
jueves, 5 de noviembre de 2009
Lípidos
| Ácido palmítico | Ácido oleico |
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| Ácido linoleico | Ácido araquidónico |
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| Arrastra las moléculas con el ratón para verlas en posiciones diferentes | |
| Nº C | Saturados | Insaturados | Insaturaciones |
| 12 | Láurico | | |
| 14 | Mirístico | | |
| 16 | Palmítico | Palmitoleico | ω-5 |
| 18 | Esteárico | Oleico Linoleico Linolénico | ω-9 ω-6, ω-9 ω-3 ω-6, ω-9 |
| 20 | | Araquidónico | ω-6, ω-9, ω-12, ω-15 |
- En los gliceroglucolípidos el ácido graso es reemplazado por un glúcido. Esto hace que estas moléculas tengan una parte polar y otra apolar, lo que les proporciona un comportamiento químico claramente anfipático.
- En los fosfatidilglicéridos el carbono del glicerol se une a un grupo fosfato que, por otra parte, está unido a su vez a otra molécula, siempre de naturaleza polar. De nuevo, esto hace que este tipo de sustancias tengan un comportamiento anfipático, gracias a lo cual son los componentes mayoritarios de las membranas biológicas. Entre los grupos polares que pueden formar parte de los fosfoglicéridos se cuentan la colina (una base nitrogenada), la etanolamina (un derivado también nitrogenado del etanol), la serina (un aminoácido) o el inositol (un azúcar alcohol).

Lípidos saponificables sin glicerol
- Un glúcido, con lo que se forma un glucoesfingolípido.
- Un fosfato, unido a su vez a otro grupo polar, con lo que se tiene un fosfoesfingolípido.

martes, 3 de noviembre de 2009
Glúcidos II: Polisacáridos

Disacárido
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Estructura
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Papel biológico
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Sacarosa
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β-D-Fructosa (2→1) α-D-Glucosa
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Azúcar vegetal
(azúcar de mesa)
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Maltosa
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α-D-Glucosa (1→4) α-D-Glucosa
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Almidón, glucógeno
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Lactosa
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β-D-Galactosa (1→4) α-D-Glucosa
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Azúcar de la leche
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Celobiosa
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β-D-Glucosa(1→4) β-D-Glucosa
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Celulosa
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Estos oligosacáridos se disponen, en la mayor parte de los casos, en la superficie exterior de la membrana celular.

Polisacáridos
La celulosa es un homopolisacárido formado por moléculas de β-D-glucosa unidas entre sí por enlaces 1→4. Esta sustancia es una de las más abundantes en la naturaleza, ya que forma la mayor parte de las paredes celulares vegetales. Tiene, por lo tanto, una función estructural. La configuración de sus enlaces implica que no puede ser hidrolizada por los animales, de modo que no podemos digerirla al consumirla en la dieta. A pesar de ello, su consumo es fundamental porque facilita el paso de los restos digeridos de los alimentos a lo largo del intestino y la formación de las heces. Es el principal constituyente de la fibra vegetal a la que se hace referencia en nutrición.
El almidón es otro homopolisacárido de glucosa, también de origen vegetal. A diferencia de la celulosa, el almidón está formado por moléculas de α glucosa, con enlaces entre los carbonos 1 y 4 a lo largo de la cadena. El almidón también presenta ramificaciones, con enlaces entre el carbono 1 de una glucosa y el 6 de otra. La función biológica del almidón es servir como sustancia de reserva en vegetales: la glucosa es el principal combustible metabólico de la célula; su degradación es el modo en el que las células obtienen energía habitualmente. Sin embargo, si existiera una gran cantidad de glucosa disuelta en el citoplasma se incrementaría exageradamente la osmolaridad, provocando graves problemas. En vez de esto, las células unen entre sí una gran cantidad de glucosas para formar una molécula de almidón, que no es soluble sino que forma un coloide o, incluso, se almacena en forma de gránulos. De esta forma, la célula puede mantener la concentración intracelular de sustancias en un valor aceptable, al mismo tiempo que disponer de una gran cantidad de glucosa muy fácilmente utilizable.- El glucógeno es un polisacárido de α glucosa con enlaces α(1→4) y ramificaciones α(1→6). Es, por lo tanto, estructuralmente idéntico al almidón, salvo por su grado de ramificación: el glucógeno es más ramificado y compacto. Se encuentra solo en las células animales, en las que realiza el mismo tipo de funciones que el almidón en las vegetales. Gracias a que los enlaces en estas moléculas son de tipo α, los animales podemos metabolizarlas con facilidad.

- Los dextranos son polisacáridos que sirven como moléculas de reserva de energía en levaduras. Están formados por moléculas de glucosa unidas mediante enlaces α(1→6), con ramificaciones cuya posición varía de unas especies a otras.
- La quitina es un homopolisacárido que tiene como monómero un aminoglucósido (una sustancia derivada de un monosacárido), la N-acetilglucosamina. Las moléculas que lo forman se unen entre sí mediante enlaces β(1→4). Es el constituyente de los caparazones de los insectos y de la pared celular de los hongos.

- Ácido hialurónico: está formado por dos tipos de derivados de monosacáridos, N-acetilglucosamina y ácido D-glucorónico, dispuestos alternativamente a lo largo de la cadena. Se encuentra en las articulaciones y en el tejido conjuntivo.
- Pectinas y hemicelulosas son heteropolisacáridos de diferentes azúcares, que aparecen como componentes minoritarios de la pared celular vegetal.
- Agar-agar, diferentes tipos de gomas, heparina (el anticoagulante de nuestro sistema circulatorio), aminoglucanos...
- Función energética: su oxidación total o parcial es una reacción exotérmica, que puede ser utilizada por la célula para obtener energía que empleará en otros procesos metabólicos. Los monosacáridos (en especial la glucosa y la fructosa) proporcionan esta energía rápidamente: su degradación a través de la glucolisis o de la respiración celular es el proceso que la célula utiliza habitualmente para sintetizar ATP. Los polisacáridos (glucógeno en las células animales, almidón en las vegetales y dextranos en levaduras) actúan como auténticas reservas energéticas, que pueden ser movilizadas y utilizadas por la célula rápidamente en caso de necesidad, razón por la cual el almidón se encuentra en órganos de reserva vegetales (como la patata) o en las semillas, mientras que el glucógeno es abundante en las células musculares (que deben afrontar, en ciertas ocasiones, demandas elevadas de energía) o en el hígado (una de cuyas funciones consiste en proporcionar combustible, en forma de glucosa, al resto de los tejidos del organismo).
- Muchos glúcidos son intermediarios metabólicos. Esto significa que muchos de los compuestos intermedios que se utilizan en diferentes rutas metabólicas que permiten sintetizar otras sustancias celulares (nucleótidos, aminoácidos...) son glúcidos o derivados de ellos.
- Realizan también otras funciones metabólicas complementarias, ayudando a que otras moléculas desempeñen sus propias funciones. Este es el caso, por ejemplo, de la vitamina C (ácido ascórbico, un derivado de un monosacárido) que actúa como antioxidante.
- Participan en todos los procesos de reconocimiento y señalización, tanto en el interior como en el exterior de las células. Dentro de una célula, sirven para indicar el compartimento celular al que tiene que dirigirse una molécula determinada. En el exterior de la célula facilitan el reconocimiento de unas células por parte de otras, permitiendo la discriminación entre los elementos propios y ajenos al organismo. Esta función es desempeñada, fundamentalmente, por oligosacáridos, en particular formando parte de heterósidos.
- Función estructural: muchos glúcidos forman parte de macromoléculas o de estructuras que proporcionan soporte mecánico a las células, por ejemplo la pared celular de los vegetales, de los hongos o de las bacterias. Esta función es desempeñada tanto por monosacáridos como por polisacáridos. Entre los monosacáridos, la ribosa y la desoxirribosa forman parte del esqueleto de los ácidos nucleicos. Entre los polisacáridos, muchos de ellos intervienen en estructuras de soporte celular, como paredes: celulosa, hemicelulosas, pectinas, agar-agar...
lunes, 2 de noviembre de 2009
Glúcidos I: monosacáridos
Esta estructura describe los compuestos más sencillos de la familia, los monosacáridos, que pueden unirse entre sí para formar polímeros, que pueden estar compuestos por dos moléculas (disacáridos), por unas pocas (oligosacáridos) o incluso por decenas de miles de moléculas (polisacáridos).
Los monosacáridos más frecuentes en los seres vivos tienen un mínimo de tres átomos de carbono, y pueden llegar hasta siete, aunque los más habituales son los que tienen cinco o seis carbonos. Se les nombra, en general, añadiendo la terminación -osa, de modo que una triosa es un monosacárido con tres carbonos, mientras que cualquier monosacárido de seis carbonos recibirá el nombre genérico de hexosa.
Familias de monosacáridos e isomería
Según la posición en la que se encuentre el grupo carbonilo, se distinguen dos grandes familias de monosacáridos: si el grupo -oxo es un aldehído, es decir, si se encuentra en el carbono uno, el monosacárido es una aldosa (-osa por ser un glúcido, y aldo- porque es un aldehído), mientras que si se encuentra en cualquier carbono intermedio se trata de una cetosa (análogamente, -osa por glúcido y ceto- por cetona). Los compuestos más sencillos de cada uno de estos grupos son, respectivamente, el gliceraldehído (que es la aldosa de tres carbonos) y la dihidroxiacetona (la cetosa de tres carbonos).
Como puede verse al observar sus fórmulas, estos dos compuestos tienen exactamente la misma composición (la misma fórmula estequiométrica), pero sus átomos están dispuestos de modo diferente, por lo que son sustancias distintas. Ambos guardan entre sí una relación que se denomina isomería de función.La forma en que los organismos tratan a los compuestos químicos hace particularmente importante la estructura tridimensional de cada molécula, hasta el punto de que moléculas muy parecidas, que solo se diferencian en la posición de uno de sus átomos, son tratadas de forma muy diferente por la célula; en la mayoría de los casos, solo una de las dos es reconocida y utilizada por los seres vivos. En el caso de los glúcidos, esto cobra importancia porque todos ellos, excepto la dihidroxiacetona, tienen carbonos asimétricos.
Un carbono es asimétrico cuando está unido a cuatro grupos distintos, entendiendo como grupo no el átomo inmediatamente enlazado, sino el conjunto de átomos que está unido a él. La cuestión es que cuando un carbono es asimétrico, los grupos unidos a él pueden disponerse en el espacio de dos formas distintas, una de las cuales es la imagen especular de la otra.
La imagen anterior muestra dos compuestos que guardan entre sí este tipo de relación, llamada estereoisomería. Si te fijas en la imagen, verás que los grupos que rodean al carbono representado en el centro de la palma son iguales en ambas moléculas, pero están dispuestos de modo diferente; si tomamos de referencia el grupo -COOH y giramos en sentido antihorario, el orden de los grupos en la molécula de la izquierda es -COOH, -R, -NH2 y -H, mientras que en la molécula de la derecha el orden es -COOH, -H, -NH2 y -R. Esta diferencia, aparentemente tan pequeña, es suficiente para que una de las dos sea reconocida por los seres vivos, mientras que la otra no.
En el caso de los glúcidos, todos los monosacáridos (excepto la dihidroxiacetona) tienen, al menos, un carbono asimétrico. En concreto, la disposición del último carbono asimétrico de cada molécula tiene una importancia considerable: una de esas disposiciones, llamada D es la única que puede ser utilizada por los organismos, mientras que su simétrica, la L, da lugar a compuestos no biológicos, que solo se obtienen en procesos químicos de síntesis, y que los seres vivos son incapaces de metabolizar. Por lo tanto, se dice que todos los glúcidos que forman parte de los series vivos pertenecen a la serie D.
Pueden existir estereoisómeros que se diferencien entre sí en la disposición de otros átomos de carbono, pero siempre que sean D son potencialmente utilizables por los organismos, solo que funcionan como sustancias diferentes. Por ejemplo, la glucosa es el monosacárido más importante en las células; la galactosa es un estereoisómero de este compuesto, que es utilizable por la mayor parte de los organismos, pero que, para poder ser empleado por las células, debe ser previamente transformado en glucosa.
En resumen, existen dos tipos de isomería importantes para los organismos entre compuestos de la familia de los glúcidos: la primera es la isomería de función, que se establece entre aldosas y cetosas; la segunda es la estereoisomería, que se establece entre compuestos que son simétricos entre sí. En el caso de la estereoisomería, es particularmente importante la diferencia entre glúcidos D y glúcidos L, los cuales no son utilizables por los seres vivos.
Una cosa más: las células poseen sistemas adecuados para transformar algunos compuestos en sus isómeros, de forma que pueden utilizar una gran variedad de compuestos químicos sin más que transformarlos antes en alguno de sus isómeros más comunes.


Estructuras lineales y cíclicas
El grupo oxo de los glúcidos tiene cierta capacidad de reaccionar con grupos OH, y en el medio celular este tipo de reacciones puede ocurrir incluso dentro de la misma molécula. El resultado de esta reacción es la formación de una molécula cíclica pl, que es la forma en la que los monosacáridos se encuentran en la célula en la mayor parte de las circunstancias. La ciclación ocurre entre el carbono con el grupo oxo y el penúltimo carbono de la cadena, precisamente el que determina si la sustancia es D o L, y da lugar a la aparición de un nuevo carbono asimétrico, ya que el doble enlace se ha deshecho. La configuración de este nuevo carbono asimétrico puede ser α o β, según la posición de su OH.
Monosacáridos más comunes| Nº de carbonos | Aldosas | Cetosas |
| 3 | Gliceraldehído | Dihidroxiacetona |
| 4 | Eritrosa | |
| 5 | Ribosa Xilosa | Ribulosa Xilulosa |
| 6 | Glucosa Galactosa Manosa | Fructosa |
Reconocimiento de fórmulas químicas
De los monosacáridos recogidos en la tabla, los más abundantes y que mayor papel juegan en el metabolismo celular son la glucosa y la fructosa. Para identificarlas a través de su fórmula química es necesario prestar atención a ciertas características clave:
Compuestos derivados de monosacáridos
Con bastante frecuencia, los organismos utilizan los monosacáridos como compuestos base, modificándolos químicamente para poder utilizarlos en funciones especificas. Las modificaciones químicas más frecuentes son las siguientes:
- Monosacáridos desoxigenados: se elimina uno de los grupos OH, que es sustituido por un hidrógeno. La desoxirribosa es un derivado de la ribosa, que forma parte del ADN.
- Ésteres fosfato: En el interior de la célula, los monosacáridos raramente se encuentran libres, sino que suelen estar unidos a un grupo fosfato. Esto permite, por una parte, que se acumulen en el interior de la célula (la membrana es permeable a la glucosa, pero no a la glucosa fosfato), y por otra facilita su reactividad, ya que la unión con el grupo fosfato hace que posean una gran energía interna.
- Azúcares ácidos: son el resultado de la oxidación de alguno de los grupos OH del monosacárido (vitamina C, ácido glucorónico...).
- Azúcares alcoholes: El grupo oxo se oxida a hidroxilo, de modo que la molécula es un polialcohol (glicerol, sorbitol).
- Aminoazúcares: uno de los grupos hidroxilo es sustituido por un grupo amino (glucosamina, galactosamina).
- Glucósidos: son el resultado de la unión de un monosacárido con otro compuesto (nucleósidos, unión con una base nitrogenada, forman los ácidos nucleicos...).




